home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00420 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  41 lines
  1. ************************************
  2. * ATP synthase a subunit signature *
  3. ************************************
  4.  
  5. ATP synthase (proton-translocating ATPase) (EC 3.6.1.34) [1,2]  is a component
  6. of the cytoplasmic membrane of eubacteria, the inner membrane of mitochondria,
  7. and the thylakoid membrane of chloroplasts.  The ATPase complex is composed of
  8. an oligomeric  transmembrane  sector, called CF(0),  which acts  as  a  proton
  9. channel, and a catalytic core, termed coupling factor CF(1).
  10.  
  11. The CF(0) a subunit, also called protein 6,  is  a key component of the proton
  12. channel; it  may  play  a  direct  role  in  translocating  protons across the
  13. membrane. It  is  a  highly  hydrophobic  protein  that  has been predicted to
  14. contain 8 transmembrane regions [3].
  15.  
  16. Sequence comparison of a subunits from all available sources reveals  very few
  17. conserved regions.  The  best conserved region is located in what is predicted
  18. to be    the fifth transmembrane domain.  This region contains three perfectly
  19. conserved residues:  an  arginine,  a  leucine  and an asparagine. Mutagenesis
  20. experiments carried  out  in Escherichia coli [4] have shown that the arginine
  21. is necessary  for  proton  translocation  and  that its replacement by another
  22. amino acid  results  in  loss of ATPase activity. We selected this region as a
  23. signature pattern.
  24.  
  25. -Consensus pattern: [STAGN]-x-[STAG]-[LIVMF]-R-L-x-[SAGV]-N-[LIVM]
  26.                     [R is important for proton translocation]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  28.  for the Mytilus edulis and Trypanosoma brucei subunits.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Azotobacter vinelandii  nifA  and a
  30.  Eikenella corrodens hypothetical 66.3 Kd protein.
  31. -Last update: June 1992 / Pattern and text revised.
  32.  
  33. [ 1] Futai M., Noumi T., Maeda M.
  34.      Annu. Rev. Biochem. 58:111-136(1989).
  35. [ 2] Senior A.E.
  36.      Physiol. Rev. 68:177-231(1988).
  37. [ 3] Lewis M.L., Chang J.A., Simoni R.D.
  38.      J. Biol. Chem. 265:10541-10550(1990).
  39. [ 4] Cain B.D., Simoni R.D.
  40.      J. Biol. Chem. 264:3292-3300(1989).
  41.